Puuviljakuubikute masin tekitab kasutamise ajal jääkjääke ja puuviljamahla ning puuviljakuubikute regulaarne puhastamine võib pikendada selle kasutusiga. Puhastusmeetodiks on puuviljajääkide ja puuviljamahla loputamine puhta veega ning seejärel puuviljakuubikute tera ja korpuse kuivatamine kuiva lapiga ning seejärel õhuke määrdekiht kandmine puuviljakuubikute terale. määre, mis võib takistada puuviljakuubikute masina tera roostetamist. Kui puuviljakuubikuteks tükeldamise masinat ei saa tavapäraselt kasutada, tuleb see õigeaegselt saata professionaalsesse hoolduskeskusse parandamiseks.